Η Συντονιστική Επιτροπή Πάρκου Πρεσπών (ΣΕΠΠ) και η Γραμματεία της συστάθηκαν για τον συντονισμό των δράσεων στην περιοχή των τριών χωρών.

Μετά την έναρξη ισχύος της Συμφωνίας το 2019, η λειτουργία των κοινών οργάνων που προβλέπονται στη Συμφωνία ξεκίνησε το 2021. Τα κοινά όργανα που εργάζονται για τη βιώσιμη διαχείριση της περιοχής του Πάρκου Πρεσπών περιλαμβάνουν:

• Επιτροπή Διαχείρισης Πάρκου Πρεσπών (ΕΔΠΠ)
• Γραμματεία της ΕΔΠΠ
• Ομάδα Εργασίας για τη Διαχείριση Υδάτων (ΟΕΔΥ)
• Ομάδα Εργασίας για τον Βιώσιμο Τουρισμό (ΟΕΒΤ)

Η σύνθεση, η αποστολή και ο τρόπος εργασίας τους καθορίζονται από τους όρους εντολής τους, οι οποίοι διατίθενται στην ενότητα Όροι Εντολής.