Η ΣΕΠΠ πραγματοποίησε 11 συναντήσεις από το 2001 έως το 2009. Τον Φεβρουάριο του 2010, την ημέρα της δέκατης επετείου της Διακήρυξης του Πάρκου Πρεσπών, οι Υπουργοί Περιβάλλοντος της Αλβανίας, της Ελλάδας και της Βόρειας Μακεδονίας, μαζί με τον Επίτροπο Περιβάλλοντος της ΕΕ, υπέγραψαν τη «Συμφωνία για την Προστασία και τη Βιώσιμη Ανάπτυξη της περιοχής του Πάρκου Πρεσπών» στην Πύλη, στην Ελλάδα, αναγνωρίζοντας τη σημασία και την αξία της περιοχής του Πάρκου Πρεσπών.

Η κοινή Συμφωνία αναγνώρισε ότι «οι Λίμνες των Πρεσπών και η γύρω λεκάνη τους αποτελούν μοναδικές φυσικές περιοχές των οποίων η γεωμορφολογία, η οικολογία, η βιοποικιλότητα και η πολιτιστική σημασία έχουν διεθνή σημασία, ως ζωτικός βιότοπος για τη διατήρηση πολυάριθμων σπάνιων και/ή ενδημικών ειδών πανίδας και χλωρίδας, ως τόπος φωλιάσματος παγκοσμίως απειλούμενων πτηνών και ως χώρος σημαντικής αρχαιολογικής και παραδοσιακής κληρονομιάς».

Στόχος της Συμφωνίας είναι η συνεργασία των Μερών για να εξασφαλιστεί η ολοκληρωμένη προστασία του οικοσυστήματος και η βιώσιμη ανάπτυξη της περιοχής του Πάρκου Πρεσπών, συμπεριλαμβανομένης της εκπόνησης ολοκληρωμένων σχεδίων διαχείρισης της λεκάνης απορροής, σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα και τα πρότυπα της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Η Συμφωνία προβλέπει την υιοθέτηση νομικών, διοικητικών, οικονομικών, χρηματοδοτικών και τεχνικών μέτρων, την προετοιμασία και εφαρμογή ολοκληρωμένων σχεδίων και προγραμμάτων διαχείρισης, την οργάνωση συστήματος ανταλλαγής ιδεών, δεδομένων και πληροφοριών και την ίδρυση κοινών οργάνων για την εφαρμογή των ουσιαστικών διατάξεων.

Η Συμφωνία τέθηκε σε ισχύ στις 29-5-2019.

Η λειτουργία των κοινών οργάνων που προβλέπονται στη Συμφωνία έχει ξεκινήσει από το 2021.